Консольная утилита mysql_secure_installation

mysql_secure_installation - программа предназначеная для базовой настройки защиты вашего MySQL сервера. Обычно ее запускают сразу после установки MySQL или MariaDB на сервер. Ниже перечислены возможности программы:

• Смена пароля суперпользователя root;
• Запрет подключения root пользователя с внешних адресов;
• Удаление аккаунтов анонимных пользователей;
• Удаление тестовой БД, которая по умолчанию доступна для всех пользователей включая анонимных и запрет доступа к БД с префиксом test_ для всех.

Конечно этого недостаточно для защиты БД, но в качестве базовой настройки сойдет. Также рекомендую закрыть MySQL на внешние соединения и настроить fail2ban.